В последние дни Второй мировой войны пилот-камикадзе Коити Сикисима совершил посадку на острове Одо, где находилась ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на него и его команду напал огромный ящер, известный местным жителям как Годзилла.
После этого инцидента Коити возвращается в разрушённый Токио, где его родители погибли, а родной дом превратился в руины. Он встречает девушку, потерявшую свою семью, которая спасла младенца во время воздушной атаки. Время проходит, жизнь начинает налаживаться: Коити находит работу в команде по разминированию в Токийском заливе. Однако однажды их хрупкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который, став ещё больше и свирепее после ядерных испытаний на атолле Бикини, вновь угрожает всему вокруг.